Le Serveur Multi Terminologies (SMT) Tisse sa Toile “Sémantique”

Le lancement de la version 7 du Serveur Multi-Terminologies (SMT) représente une avancée majeure dans le domaine de la santé numérique. Cette mise à jour enrichit le SMT de fonctionnalités avancées pour les alignements terminologiques, montant d’un cran l’interopérabilité des terminologies médicales au sein du SMT.

Les Alignements

Au cœur de cette innovation se trouve le concept d’alignement terminologique.

Un alignement, dans ce contexte, est une correspondance sémantique entre les concepts de deux ensembles de terminologies. Cela permet de découvrir des relations telles que l’équivalence, la correspondance proche ainsi que les relations de spécificité ou de généralité entre concepts, facilitant ainsi une compréhension transversale des terminologies médicales.

Les alignements sont fondamentaux dans le domaine de la médecine car ils offrent une vision unifiée des connaissances dispersées à travers différentes sources d’information. La structure de ces alignements est guidée par le modèle SSSOM, permettant un partage et une interopérabilité fluides entre les ontologies.

L’Intégration des Alignements dans le SMT

La version 7 du SMT apporte des fonctionnalités innovantes pour le traitement des alignements :

• Téléchargement d’Alignements : Les utilisateurs peuvent maintenant télécharger des alignements directement, avec des licences spécifiques.
• Visualisation des Correspondances : Un nouvel onglet “Correspondances” permet de visualiser et d’exporter les relations entre les concepts, enrichissant ainsi l’analyse sémantique.

Exemple : Interconnexion autour du Vaccin contre la Varicelle dans le SMT

Le “Vaccin Varicelle, sans précision” (VAC0159), répertorié dans le SMT, sert d’exemple parfait pour illustrer la puissance des alignements terminologiques facilitée par la récente mise à jour du SMT. Ce concept médical est directement lié, via les alignements terminologiques, au code ATC : J07BK01.

Le code ATC J07BK01 fait le lien avec deux spécialités pharmaceutiques notables :

• VARIVAX, poudre et solvant pour suspension injectable.
• VARILRIX, poudre et solvant pour solution injectable.

Ces liens permettent non seulement d’identifier les produits disponibles pour la vaccination contre la varicelle mais aussi d’accéder à des informations détaillées sur ces vaccins, elles révèlent, par exemple, comment une spécialité pharmaceutique comme VARIVAX se relie à d’autres informations essentielles, telles que les présentations de produit. Par exemple, VARIVAX est disponible en “1 flacon(s) en verre — 1 seringue(s) préremplie(s) en verre de 0,5 ml” avec le code CIP **3400936876415.**

Une représentation des alignements/relations autour du “Vaccin Varicelle (VAC0159)” dans le SMT.

L’interconnexion entre les spécialités pharmaceutiques et leurs présentations spécifiques, illustrée par l’exemple précédant, est rendue possible grâce surtout à l’excellence du modèle sous-jacent au Référentiel du Médicament.

Ce modèle sémantique est conçu pour assurer une interopérabilité complète des données concernant les médicaments, couvrant les spécialités, les substances actives, les présentations, et bien plus encore.

Explorer les Alignements avec SPARQL en utilisant l’endpoint SMT :

Pour ceux intéressés par la profondeur technique et la puissance des données derrière le SMT, voici une requête SPARQL exemplaire.

Elle illustre comment les alignements terminologiques, spécifiquement autour du “Vaccin Varicelle, sans précision” et les correspondances avec les codes ATC, sont explorés et exploités via le réseau sémantique du SMT.

Cette requête utilise les graphes : Nuva, le référentiel du médicament et l’alignement “Nuva vers ATC” pour extraire les informations. Cette requête peut être exécutée sur l’endpoint SPARQL du SMT :

PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
PREFIX align: <http://data.esante.gouv.fr/alignement/>
PREFIX sssom: <http://w3id.org/sssom/>
PREFIX med: <http://data.esante.gouv.fr/ansm/medicament/>

SELECT ?specialite ?codeCIS ?libelleATC ?codeATC ?specialiteLabel ?presentation ?codeCIP
WHERE {

  GRAPH <http://data.esante.gouv.fr/graph/terminologie-nuva> {
    ?vaccinNuva rdfs:label "Vaccin Varicelle, sans précision"@fr;
                 skos:notation ?codeNuva.                                             
  }


  GRAPH <http://data.esante.gouv.fr/graph/alignement-nuva-atc-SYADEM> {
    ?alignement a owl:Class ;
                  sssom:subject_id  ?vaccinNuva ;
                  sssom:object_id ?codeATC.
  }
   GRAPH <http://data.esante.gouv.fr/graph/terminologie-ref_interop_med> {
     ?specialite med:classificationATC ?codeATC ;
                med:CIS ?codeCIS ;
                med:libelleATC ?libelleATC ;
                med:aPourPresentation ?presentation ;
                rdfs:label ?specialiteLabel .
    ?presentation med:CIP13 ?codeCIP .
  }

}

La version 7 du SMT marque une avancée majeure vers une santé numérique plus intégrée et interopérable.

Références :

• SMT : https://smt.esante.gouv.fr/
• EndPoint SPARQL : https://smt.esante.gouv.fr/sparql/
• La terminologie Nuva sur le SMT : https://smt.esante.gouv.fr/terminologie-nuva/
• Le référentiel du médicament sur le SMT : https://smt.esante.gouv.fr/terminologie-ref_interop_med/
• SSSOM : https://mapping-commons.github.io/sssom/